杀菌的原理是在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，繁殖越快。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的最适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢。
客户将鲜奶整体储存在鲜奶储存罐中，此鲜奶储存罐通过压缩机降温，具有低温保存作用，需要杀菌时，开启连接储存罐与8并联立式巴氏杀菌罐的离心奶泵，通过350#导热油或热水进行过滤杀菌，杀菌用时为2-2.5小时左右，杀菌温度为85°。
杀菌完成后，通过奶泵打入过滤器中进行二次过滤，过滤完成后，将巴氏奶打入均质机中均质。
均质完成后，开启离心奶泵，将巴氏奶打入预冷罐中，预冷罐是使用冷水进行降温，降温时间为1-1.5小时左右，一般降温到45°以下才能打入压缩机制冷的冷藏罐中，否则对奶的品质和设备使用寿命都有影响。
降温完成后，开启连接预冷罐与冷藏罐的离心奶泵，将巴氏奶打入冷藏罐进行储藏。
